花咲蕾是一個熱愛花卉、非常了解花卉知識的初二學生。某天，隨著父母搬家來到“希望花市”的途中，花咲蕾做了一個奇怪的夢，夢中的她站在一棵名為“心之大樹”的樹前，看著光之美少女與暗之美少女戰(zhàn)斗并被打倒，而大樹上的花朵瞬間全都枯萎了，此時有只妖精從樹中竄出，蕾也從夢中驚醒了。不料某天放學后，夢中出現(xiàn)的妖精竟然出現(xiàn)在她的眼前，并希望花小蕾可以成為傳說中的戰(zhàn)士“光之美少女”，來幫忙打倒敵人，讓人類之心的源頭“心之大樹”可以再恢復到之前繁花盛開的模樣，并讓大家的“心之花”綻放而戰(zhàn)。但蕾猶豫了。就在此時，不明的敵人出現(xiàn)了，并將魔爪伸向了同班好友來海繪里香。為了拯救好友，花咲蕾決定要成為光之美少女。之后，好友來海繪里香、學生會長明堂院樹以及曾將的光之美少女月影百合紛紛加入進來，和蕾一起成為了光之美少女，為拯救“心之大樹”，粉碎沙漠使徒征服世界的野心而戰(zhàn)斗。