尤吉歐終于與從小追尋的少女愛麗絲重逢了。但是，從這個愛麗絲身上，已經(jīng)完全看不到當(dāng)年盧利特村那個女孩的影子。愛麗絲是為了逮捕破壞了禁忌目錄的桐人與尤吉歐而來，她已經(jīng)沒有了幼年的記憶，并稱自己是整合騎士。桐人和尤吉歐被關(guān)進(jìn)了“公理教會”之象征“中央大圣堂”的地下牢房，因為桐人的聰明才智，兩人最終得以逃脫。知道桐人是“外部”人類的神秘少女卡迪納爾幫助了他們，兩人為了讓愛麗絲恢復(fù)原樣，向塔的頂點進(jìn)發(fā)！但是，“整合秘儀”所制造的最強戰(zhàn)士們，擋在了桐人和尤吉歐的面前！