黑室正式成立，依靠秦敖陸涯(董勇 飾)李克江(張秋歌 飾)等人的優(yōu)秀能力，以及雅德利(山鷹 飾)在密碼破譯方面的造詣，黑室在很短的時(shí)間里就在破譯密碼、抵抗日軍轟炸方面取得了可喜的成績(jī)。陸涯無(wú)法原諒扈渝雯(汪芫 飾)對(duì)自己的欺騙，他冷淡地對(duì)待著扈渝雯，在一起工作的兩人形同陌路。扈渝雯得不到陸涯的諒解，只能向雅德利傾訴心中的苦悶。蔣委員長(zhǎng)巡查西南戰(zhàn)線(xiàn)的云岫行動(dòng)秘密展開(kāi)，黑室沒(méi)能遏止住重慶猖獗的間諜活動(dòng)，加上雅德利酗酒延誤了破譯工作，蔣委員長(zhǎng)行蹤泄露，遭遇日方轟炸。黑室受到了嚴(yán)厲批評(píng)，經(jīng)歷了一次重大挫折。眾人都承擔(dān)了責(zé)任，雅德利開(kāi)始端正自己的工作態(tài)度。通過(guò)黑室成員的不懈努力，泄露云岫行動(dòng)的日本間諜終于被俘。頑固的日本間諜自殺了，他讓黑室意識(shí)到重慶還隱藏著許多間諜，他們未來(lái)的路還很長(zhǎng)。唐大銘(仇永力 飾)為了犒勞黑室成員的辛勞，舉行了一場(chǎng)慶祝舞會(huì)。舞會(huì)上，雅德利受到了黑龍會(huì)的暗殺，多虧陸涯的保護(hù)才躲過(guò)一劫。四姐的身影出現(xiàn)在了重慶，她現(xiàn)在的身份是慈善商會(huì)的會(huì)長(zhǎng)羅蘭(張恒 飾)夫人，并和黑室有著親密的接觸。