日本軍隊(duì)進(jìn)入淪陷的南京城，奉命掩埋中國死難士兵和戰(zhàn)俘尸體。與此同時(shí)，市中心的圣馬德倫教堂中迎來了一群不速之客，十來個(gè)女學(xué)生和秦淮河女子，她們殊途同歸只為同一件事――逃難。緊接著許多男人也因?yàn)楦鞣N原因進(jìn)入了教堂。圍墻外的日軍尋找各種借口進(jìn)入教堂，圣馬德倫教堂的后院成為他們填埋尸體掩蓋罪證的目標(biāo)，國際安全區(qū)的組織者嘗試各種解救教堂被困人員的方案，卻屢屢失敗。教堂中的男人們?yōu)榱吮Ｗo(hù)藏在教堂閣樓和地窖中的女人，獻(xiàn)出了自己的生命，女人們或者選擇了有尊嚴(yán)地死去，或者進(jìn)行了最壯烈的抵抗。在這四十九個(gè)日夜里，他們和他們，在一次次地求生、抵抗、毀滅和復(fù)活中締結(jié)了愛情、親情和友情，曾懦弱地變成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虛無的得到了收獲、曾有罪的完成了救贖。