不久的未來，人類在與病毒性寄生生物“原腸動物”的戰(zhàn)爭中敗北，被驅(qū)逐至狹窄的領(lǐng)土，帶著恐懼與絕望茍且偷生。在如此封閉幽暗的世界──居住於東京地區(qū)的少年──里見蓮太郎，為對抗原腸動物的專"民警"一員，從事危機的工作。他的搭檔則是有點早熟的小女孩──藍原延珠。