莫采石(巫剛 飾)怎么也想不到自己日夜守護的五九檔案會不翼而飛。當莫采石從哈金斯那里回到警察廳，打開保險柜不見了五九檔案，他驚恐萬分。

這時，程慈航(喬振宇 飾)打電話要見他，莫采石看到程慈航手中赫然拿著那個裝著五九檔案的鐵匣子。程慈航指責因為莫采石的愚忠，隱瞞了五九檔案，造成許許多多無辜的人為此失去生命，特別是歐陽倩(安以軒 飾)尋找五九檔案的目的在于將之公布于眾，以懲罰日本戰(zhàn)犯。程慈航指出從一開始就是莫采石圍繞五九檔案設(shè)的騙局，目的在于給蔣介石政府和美國人談判增加一張籌碼。莫采石看程慈航把整個過程分析得清清楚楚，以保護程慈航為由，解釋隱瞞五九檔案的原因。程慈航感激莫叔叔能替自己著想，但是，五九檔案是日本侵略者在戰(zhàn)爭中用中國人做活體實驗的罪證，用五九檔案為籌碼和美國人談判無異于漢奸行為。程慈航勸說親臨過抗日戰(zhàn)場而無所畏懼的莫采石想一想日寇的侵略暴行，勸莫采石要以民族大義為重，把五九檔案交給遠東國際法庭，將日寇罪行公之于眾。莫采石陷入深深的思索中，程慈航告訴莫采石，他精心守護的五九檔案不見得是真的，也可能是蔣介石舍車保帥的一個贗品。莫采石仔細回憶和五九檔案相關(guān)聯(lián)的每個細節(jié)，他終于明白，蔣介石早就派人把五九檔案調(diào)過包了。程慈航看到莫采石已有悔意，跪在地上請求他成全自己“茍利國家生死以，豈因禍福避趨之”的民族大義，幫助自己奪回五九檔案。程慈航這番慷慨陳詞、鏗鏘有聲的言語，深深打動了莫采石，莫采石找到了作為中國人的良心。他把視為生命的中正劍轉(zhuǎn)交給程慈航，然后，莫采石通知哈金斯來看五九檔案，借機把哈金斯抓了起來，他要給程慈航爭取寶貴的時間。自知無法交差的莫采石最后在辦公室自殺身亡，一代將星隕落。

這邊，中田命令小野緊跟程慈航，必須找到五九檔案。

程慈航手捧中正劍，拿著總裁手諭，進入靈谷寺藏經(jīng)閣，以美國特使飛機就要起飛為由，阻止憲兵打電話向上峰求證，然后取出五九檔案。

霍然(屈剛 飾)得知莫采石自殺的消息，知道程慈航將往藏經(jīng)樓尋找五九檔案，他準備組織警力強行阻止程慈航。霍蜜兒(郭曉婷 飾)聽到爸爸打的電話，意識到程慈航會有危險，為了程慈航，她控制住爸爸霍然，逼著司機把車開往靈谷寺。

霍蜜兒看到程慈航抱著鐵匣子走了出來，連忙讓司機停車?；裘蹆簞倓傁萝?，一直關(guān)注程慈航行蹤的中田就命令手下開槍，方捷和錦線弟子慌忙抵抗?；靵y中，中田抓住了霍蜜兒，以此要挾程慈航把五九檔案交出來。程慈航答應(yīng)中田，可以把五九檔案交給他，但是必須放了霍蜜兒。程慈航放下鐵匣子，狡猾的中田把霍蜜兒打翻在地，撿起箱子沖著程慈航扣動扳機，沒成想子彈已經(jīng)打光了，眾人立即圍住了中田。國仇家恨，程慈航要親手殺了中田。他仿佛看到了小玉和歐陽倩等人慘死的景象，每一拳每一腳都充滿仇恨的力量，暴揍中田口吐鮮血而亡。程慈航趕忙跑到霍蜜兒身邊，一貫任性的霍蜜兒此時越來越虛弱，偎依在程慈航懷里慢慢地閉上了那雙美麗的眼睛。

一九四六年五月三日，遠東國際法庭，五九檔案作為不可或缺的有力證據(jù)，揭露了日本軍國主義犯下的滔天罪行，伸張了和平與正義。