在實戰(zhàn)演習(xí)中，雖然 楊燦(朱雨辰 飾)的行為解救了人質(zhì)，但由于他私自行動，違反了紀律，常健安還是給楊燦記了一個處分。

黑日組織的一號頭目山貓(王堅定 飾)在攝像機面前，殘忍地殺害了一名國際刑警。由于反恐特戰(zhàn)隊的參與，化工廠爆炸計劃和軍火交易行動均遭失敗，這激怒了山貓。他決心親自帶領(lǐng)七十多個在基地秘密受訓(xùn)的雇傭軍，入境制造一起恐怖事件。

陸長風(fēng)(曹克難 飾)親自把“神鷹特戰(zhàn)隊”的旗幟交給 那敏(王力可 飾)，讓她當代理隊長。隊員們都在議論，以后誰會是隊長。

常健安收到在黑日組織的臥底颶風(fēng)的情報，設(shè)計了代號為龍卷風(fēng)的作戰(zhàn)方案。雪狼特戰(zhàn)隊負責(zé)攔截恐怖組織車輛，新成立的神鷹特戰(zhàn)隊負責(zé)實施空中打擊，支援雪狼特戰(zhàn)隊。

山貓在快入境時，突然決定改變路線，轉(zhuǎn)向045號入境口。由于地形復(fù)雜，雪狼特戰(zhàn)隊只得徒步前往目地的，攔截恐怖組織車輛的任務(wù)就只有交給神鷹特戰(zhàn)隊。

山貓帶領(lǐng)的車隊剛?cè)刖?，就發(fā)現(xiàn)中了反恐特戰(zhàn)隊的埋伏，他發(fā)現(xiàn)坐在身邊的颶風(fēng)是特戰(zhàn)隊的臥底，在打斗中，颶風(fēng)受傷暈了過去。雙方發(fā)生了激烈的槍戰(zhàn)，山貓見形勢不對，命屬下開車逃回邊境。楊燦見山貓要逃走，不聽那敏的命令，果斷地架駛飛機，冒著危險追蹤山貓的車輛。這時雪狼特戰(zhàn)隊趕到，那敏把圍剿剩余恐怖分子的任務(wù)交給塔西(張晶 飾)，也開車去追捕山貓。

在一座廢棄的房子里，山貓用槍頂著代號颶風(fēng)——特戰(zhàn)隊員厲劍峰的頭，要楊燦和那敏放下槍。厲劍峰用隊長的口吻，要那敏和楊燦服從命令開槍。楊燦卻向那敏施暗號，要那敏一起把槍放下。山貓準備帶厲劍峰逃走時，發(fā)現(xiàn)楊燦手中拿著炸彈的遙控器。原來，楊燦在進來之間，在門口布置了炸藥。楊燦問山貓是想同歸于盡還是自首，在山貓猶豫的瞬間，楊燦奪下了山貓手中的槍。

黑日組織一號人物山貓被捕，二號人物格爾特(克拉克 飾)暴怒不止，發(fā)誓要報仇。他得知出賣山貓的人是特戰(zhàn)隊成員厲劍峰，三年前偽裝成被中國政府通輯的逃犯進入基地的。

那敏和厲劍峰兩位曾經(jīng)的戀人分別多年后，以這樣的方式重逢，那敏心中的疑問這才解開，眼淚忍不住流了下來。

在龍卷風(fēng)行動中成功抓捕了山貓，常健安給神鷹特戰(zhàn)隊頒布集體二等功。楊燦臨危不亂，救出臥底人員，抓捕山貓，獲得個人二等功一次。但他擅自離隊行動，又記一次大過，功過相抵。楊燦不同意功過相抵，要求分開算，向常健安討要功章。