有一個叫工藤順一的年青人，加入了自由之心研究會，那是一個思想激進的邪教組織，他父親前來找尋，他默默地拉上窗簾，拒絕父親讓他回家的要求，不久，他就死了，在他的尸體上，放著一張遺書，上面寫著：爸爸，是自由的，再見了。

二十年后，石川百合(吉田羊 飾)警官，正在忙著一對母女跳樓的案子，有個人跑過來告訴她，刑事課的代理課長本木秀俊(三浦友和 飾)找她，石川去了以后，才知道有人前來舉報，舉報有人殺人，舉報人阿尼塔說，1996年1月，她下班回家時，看見有一個人，從車里被扔了出來，扔出來的人已經(jīng)死亡，石川問她，20年前的事，她怎么才想起來舉報，阿尼塔說，因為她是非法入境，她得給兒子寄生活費，所以當時才沒敢說，現(xiàn)在她得了癌癥要回國了，所以就沒什么好怕的了。

石川查找了一下，20年前確實有一個懸案，一個青年在自家門口死亡，是砒霜中毒而死，尸體有被拖拽過的痕跡，那個青年叫工藤順一，死的時候19歲，母親已經(jīng)去世，和父親、姐姐生活在一起，順一曾上過大學，但在醫(yī)學部只念了半年就輟學了，后來加入了叫自由之心的組織，順一死后，警方在那個組織活動的場所，搜出了大量的砒霜，懷疑他們要策劃恐怖襲擊，于是把那個地方搗毀，把主謀森永顯彰抓了起來，森永現(xiàn)在還在監(jiān)獄里服刑。

石川找到的順一的父親工藤健介，工藤健介態(tài)度冷淡，認為他兒子就是自殺，不愿意再提及此事，這讓石川很不理解，她和她的新搭檔高木來到監(jiān)獄，他們倆去監(jiān)獄提審了森永，森永給他們講述了順一的情況，順一喜歡畫畫，可他的父母卻非要他做醫(yī)生，弄得他很苦惱，森永和他是在酒吧里認識的，順一當時故意惹事，想通過被打發(fā)泄情緒，是森永救了他，帶他加入自由之心，石川質(zhì)問森永，到底對順一做了什么，森永一本正經(jīng)地說，是他把順一從痛苦中解脫出來，讓順一感受到真正的自由，石川又問他，自由之心現(xiàn)在是否存在，森永說早就不存在了。

石川回到家里，發(fā)現(xiàn)有人進過她的家，并在她家的墻上寫了恐嚇的話，明顯是自由之心的成員所為，經(jīng)過調(diào)查，警方發(fā)現(xiàn)了一個叫黑井的人，黑井曾經(jīng)是森永的保鏢，現(xiàn)在是戶塚區(qū)兒童福利中心的館長，黑井告訴警方，他和森永已經(jīng)20年不聯(lián)系了，順一的死，他認為很有可能就是森永干的，在順一完成第三階段考驗以后，森永把他領(lǐng)到一群女人中間，讓他隨便選一個做伴侶，時間只是一個月，順一選的那個女子叫香奈惠，期限到了，沒想到兩個人竟然動了真感情，森永不允許有人忤逆他，或許就是因此殺了順一。

石川和高木找到香奈惠，香奈惠說，森永不可能殺順一，在自由之心，他們都崇拜森永，把他當父親一樣愛戴，最有可能殺順一的人，應(yīng)該是順義的父親，有一次她陪順一，去他父親那里偷砒霜，順一和父親發(fā)生了爭吵，他們之間好像有不可告人的秘密，因為這個秘密，順一極其憎恨他的父親，順一為了斬斷痛苦，最終達到涅槃，曾經(jīng)想過要殺掉他的父親，得知這個消息，石川覺得，工藤健介的確有些可疑，兒子被殺，父親卻不配合，這本身就不合常理。

通過調(diào)查，警方還發(fā)現(xiàn)，工藤健介的妻子的死，是跳樓自殺，時間正好是在順一輟學之前，警方懷疑這兩起案子，應(yīng)該有某些關(guān)聯(lián)，于是，石川找到了順一的姐姐多惠，多惠把順一的那個秘密說了出來，她母親應(yīng)該是被她爸推下樓的，當時她爸讓她和順一向警方出了偽證，為此順一才對父親產(chǎn)生了仇恨，但他肯定不是父親殺的，因為在他死之前，是她親自把他送回自由之心，順一已答應(yīng)她，和自由脫離關(guān)系。

石川再次提審森永，故意說出黑井的懷疑，森永聽了很是惱怒，懷疑黑井是想取代他，于是就把黑井和香奈惠的關(guān)系說了，黑井承認，他和香奈惠的確曾是夫妻，但香奈惠卻深得森永信任，森永把很多重要的工作都交給她，她和森永一樣瘋狂。

石川再次找到香奈惠，香奈惠寫的字，引起她的注意，有幾個字母和她家墻上的恐嚇詞，竟然完全一樣，香奈惠見事情敗露，只好交代帶了她的作案經(jīng)過，順一被姐姐送回來后，引起了森永的懷疑，她自告奮勇地前去試探，發(fā)現(xiàn)順一回來的目的，竟然是想帶她逃走，于是她就在茶水里下了毒，順一喝下后，她假裝同意逃走，讓順一按她說的，給森永留張字條，順一寫完后就毒發(fā)身亡了。