申梓木(黃文豪 飾)帶著言亦冬來到曠野之中，信號響處，兩位綠林好漢把裝在麻袋里的江湖大盜啞巴胡萬送了過來。原來，這就是申梓木找到的替罪羊。

申力行(林峰 飾)詢問言亦冬一整夜都到哪里去了，這才得知父親找人頂罪之事，他想不明白六扇門作為官府衙門，怎么會制造這樣的冤假錯案，申力行決定找父親認真談?wù)?。一直躲著父親的申力行終于主動和父親見面，他仔細分析案件的偵破思路，申梓木告訴兒子，案件極其復(fù)雜，后果不是自己能夠左右的，找胡萬替罪屬于情非得已，這也是他不讓申力行進入六扇門的原因。

這邊，言亦冬仔細安排胡萬在庭審時應(yīng)該注意的問題。胡萬一方面得到了申梓木照顧家人的承諾，另一方面認為自己罪有應(yīng)得，慷慨答應(yīng)。庭審現(xiàn)場，刑部徐大人不顧群眾強烈反對，讓胡萬簽字畫押。這時，訟師辛不平闖進公堂，高聲指責六扇門和六部三司草菅人命，贏得圍觀群眾拍手叫好。徐大人只好答應(yīng)辛不平詢問申梓木幾個相關(guān)問題，辛不平以大量的人證物證把申梓木問得啞口無言。胡萬得知案件的嚴重后果，萌生悔意，想當堂翻供。眼見所有心血付諸東流，申梓木發(fā)現(xiàn)辛不平貌似易容，一把抓下他臉上的人皮面具，原來，辛不平是申力行所扮。經(jīng)此一鬧，胡萬寫下六扇門刑訊逼供、自己屈打成招的經(jīng)過，申梓木惱羞成怒。刑部徐大人宣布將胡萬收監(jiān)，案子發(fā)回六扇門重審。

聽聞此則消息，趙無極(何中華 飾)害怕劉吉(沈保平 飾)這招會收買六扇門人心，事情發(fā)展對齊王(方中信 飾)不利。趙無極推測兇手一定是劉吉手下，想利用六扇門掩蓋事情真相。齊王急忙請教趙無極應(yīng)該如何對付，趙無極認為應(yīng)該調(diào)查清楚被殺閹人的身份。齊王也想查清被害者身份，應(yīng)對步步緊逼的劉吉。他告訴蘇溢清(迪麗熱巴 飾)，趙無極幫助自己完全出于政治目的，現(xiàn)在只能指望從小跟自己長大的義女蘇溢清。

這邊，申梓木正在為重審案件頭疼不已，想探查真相的申力行卻興奮異常。申梓木認為兒子是在幸災(zāi)樂禍，氣得持棍追打申力行，申力行邊跑邊分析死者情況。申梓木認為很有道理，但是不答應(yīng)申力行尋找線索的要求。一心要維護正義、堅持真相的申力行看到父親如此固執(zhí)，連磕幾個頭后憤然離去。冷靜下來的申梓木讓手下按照申力行的意見查案，先從鴉片館和古玩城入手弄清案情。

這邊，言亦冬邀請申力行留下幫助自己查案。申力行決定到鬼市查找被害人典當?shù)臇|西，以此弄清死者身份。次日一早，申力行和言亦冬開始探尋鬼市，同時，受齊王委托的蘇溢清男扮女裝也趕到鬼市。蘇溢清謊稱要當東西走進李記當鋪，借此詢問是否有老太監(jiān)當過東西，老板態(tài)度堅決地予以否定，隨即離開當鋪。這時，發(fā)現(xiàn)李記當鋪老板可疑并一直守護在外面的申力行決定跟蹤此人。果然不出所料，此人一會就消失得無影無蹤。申力行假裝成煙鬼到了煙館，了解到李記當鋪老板萬柳(張海宇 飾)的很多情況。申力行根據(jù)種種證據(jù)推測，萬柳應(yīng)該在煙館結(jié)識從河間府來的煙友高士奇，并從高士奇口中得知，河間府趙先生出有很多寶貝，他們把最近來到京城的趙先生騙了出來，然后謀財害命。申力行認為抓住萬柳是當務(wù)之急，他決定先找高士奇。次日一早，高士奇見到申力行和言亦冬轉(zhuǎn)身就跑，被蘇溢清攔住后交給言亦冬。隨后趕到的申力行和蘇溢清再次失之交臂。

審訊高士奇后，順藤摸瓜，終于在煙館抓到萬柳。案件終于告破，萬柳被判斬監(jiān)候。六扇門終于在六部跟前一雪前恥、揚眉吐氣!