石窯村一夜間廿多名村民同時中毒，原來一切禍端，乃因村童捉蟋蟀，誤掉載有毒藥的竹筒入井內所致；此竹筒正是生之姐素素欲毒害御醫(yī)天栽藥之竹筒，素素正欲下毒之時，始知與弟掉亂竹筒，事敗而回，闖下大禍。御醫(yī)天替村民診斷，證實毒性乃失傳已久的“血荊子”，無藥可救，村民只有十天性命，生亦是受害者之一。包更收到匿名信指十年前藥王秋毒害惠王爺乃被人陷害，望包代為平反。
包翻開昔日秋之卷宗，并向當年告發(fā)秋之徒弟天查問，得知當年秋提煉之不世靈藥“血菘香”乃子虛烏有。生偶然得悉包在談論井中竹筒，遂求包讓他摸竹筒一下，竟發(fā)現乃素所擁有。包深入調查，發(fā)現竹筒上的刻花，與剛收到之匿名信，字跡相同；昭受命跟蹤素返家，揭穿其身份，乃秋之女，誰知黃雀在后，天暗中跟蹤二人，乘二人離去，在素家盜取“血荊子”毒藥，更派祥往擄走生，惜打草驚蛇，失敗而回。素向包承認一切，并訴說當年天勾結契丹，殺害惠王，嫁禍秋，并殺去妻，偷去“血菘香”，醫(yī)治朝廷權貴，扶搖直上。
素片面之詞，實難入天罪，據秋留給素之“藥王篇”記載，“血菘香”能令尸體不腐，兼有紫結石在體內。包為免打草驚蛇，派昭暗中驗證惠王及花(皆死於吃下過量的“血菘香”)之尸首。另一方，天派祥將盜得之“血荊子”散落多個水井之中，擴大事件，造成恐慌。果然，花尸首無恙，四子押返府中，竟遇襲，尸首掉入江中失蹤；
昭獨自查看惠王尸首，打草驚蛇，解犯國法，撤職查辨。中毒村民升至百余人，素往暗算天，竟反被天以“血荊子”毒針刺之，昭及時出現救回素，昭卻因閃避不及，中下毒針。
村民毒發(fā)身亡期限只剩五天，六子破案心切，瞞包再起惠王尸，四子更以內功幫昭恢復功力，抑壓毒性，四子因而中毒，在所不辭。果然得到證實，六子卻被小惠王束手就擒，押入天牢，等候定罪；
包得驗尸官帶來惠王之結石及銀針，但可惜乃六子私下驗證，難作證供。限期只剩三天，包推測天可能將“血菘香”收藏在八賢王家的仙翁像內，果然不出所料，村民獲救，葉家冤案亦平反在望。公堂上，天諸多狡辯，表示自己毫不知情，推得一干二凈。包誓不低頭，在兩天期限內，竟僥幸撈獲花尸，更逮獲前來刺殺包拯的祥，更驗證兩位己壽終正寢，但曾被天醫(yī)治過而起死回生的大臣尸首，并未腐化，再召天候審。一切真相大白，包拯要治天罪，但董太師稱要斬天，必先斬素素。包拯卻認為素素只是無心之失，罪不當斬。但素素為了不令包拯為難，且內疚與自己的做為，自服‘血荊子’求死。天見素素要與其同歸與盡，心有不甘，竟脅持前來為他求情的妻子玉茹，導致茹難產，包拯讓素素服下解藥‘血菘香’幫助茹成功誕下孩兒，天亦心生悔意，替兒子取名望善。最后天依法問斬，而素素及其族人終于平冤昭雪。